Gift med Krøyer
Kort efter ankomsten til Paris i december 1888 løb Marie ind Krøyer på Café de la Régence, der var en favorit Café med mange danske kunstnere, som boede i byen i slutningen af 1880’erne. Hun vinkede til Krøyer, som gik forbi. Hun genkende ham fra hans lejlighedsvise besøg på kvindernes kunstklasser i København og fra møderne, da hun stod model til maleriet, En duet (1887). Krøyer, som ikke specielt huskede hende fra København, blev straks vildt forelsket i hende.
Efter deres forlovelse den 7. maj, blev de gift den 23 juli 1889 i Triepke hjem i Augsburg, Tyskland. (Triepkes var blevet tvunget til at flytte tilbage til Tyskland i 1888 på grund af faderens tab af arbejdspladser.) De tilbragte deres bryllupsrejse i Stenbjerg, en fiskerby i den nordvestlige del af Jylland på den tidligere ø Thy, for at undgå opmærksomhed fra kunstnerne i Skagen. Det var her, at Krøyer malede de første i en lang række portrætter af hans kone.
Derefter rejste de længerevarende rundt i Italien, hvor de bl.a. besøgte Amalfi og Ravello. Mens hun var der, fik Marie tyfus, der afskrækket hende meget fra at arbejde med maleri. Et stadigt eksisterende af Maries arbejder fra denne tur, er et forstudie af en lille italiensk pige. Parret vendte tilbage til Danmark i december 1890. Efter en perioder hvor de tilbragte i København og Hornbæk tog de til Skagen maj 1891. De næste par år, tilbragte de deres somre i Skagen og deres vintre i København.
Mens de var i Skagen, opholdt de først sig i Brøndums Hotel, men fra 1894, lejede de et hus i Skagens Vesterby, og i 1895 flyttede de ind i deres eget hus i ved Byfogedskoven. Krøyer tilbragte somre med sin kone i 1890’erne var klart en inspirationskilde for ham, især da Marie havde en stærk følelse af skønhed selv, og ofte citerer Keats ”Skønhed er sandhed, sandhed er skønhed’.
Hendes ægteskab med Krøyer har tilsyneladende mindsket Maries ambitioner om at skabe et navn for sig selv som maler. Faktisk kan kun ét værk siges med sikkerhed at have været malet af hende i Skagen. I stedet koncentrerede hun sig om at forbedre deres sommerresidens, designe forskellige møbler, ligesom hun gjorde, mens de tilbragte deres vintre i deres hjem i Københavns Bregensgade. Præcis hvad der tog modet Marie som maler er ikke særlig klart, men der er få beviser på at hun ikke modtog nogen form for opmuntring fra Krøyer.
Fra hendes korrespondance, kan det ses hun manglede selvtillid og havde problemer med hendes helbred. Hun synes også at have lidt under fødselsdepression efter hendes datter Vibeke blev født i 1895. Flere af hendes venner beskrev at hun ofte klager over hovedpine, måske som følge af hendes ægteskabelige problemer.
Mens Vibeke var stadig et lille barn, begyndte Krøyers helbred at forværres med anfald af psykisk sygdom, hvilket gjorde ægteskabet stadig vanskeligere. I 1900 blev han indlagt på psykiatrisk hospital i Middelfart, den første af mange langvarige ophold. Parret tilbragte mindre og mindre tid sammen og hun rejste ofte alene. Det var under et besøg til Taormina, Sicilien, i 1902, at Marie første gang mødte Hugo Alfvén.